Concepțiile religioase ale marelui savant sunt bazate pe cercetarea naturii:

„Cred în acel Dumnezeu al lui Spinoza, care se manifestă prin armonia legilor universului, nu într-unul care se ocupă cu destinele și faptele omenirii.”[28]
Mai precis, Spinoza considera că Dumnezeu este un alt nume pentru natură.[29] Deci, adorația lui Einstein se referea la natură, pe care panteiștii o numesc Dumnezeu.

Către sfârșitul vieții, într-o scrisoare adresată filozofului Eric Gutkind și datată pe 3 ianuarie 1954, marele fizician afirmă:

„Cuvântul « dumnezeu » nu este nimic altceva pentru mine decât expresia și produsul slăbiciunii umane, Biblia este o colecție de legende onorabile, dar primitive, care sunt, în orice caz, destul de copilărești. Niciun fel de interpretare, indiferent cât de subtilă, nu-mi poate schimba opinia.”[30][31]

Religiozitatea nedefinită a marelui savant se referă mai degrabă la admirația pe care acesta o nutrește față de structura lumii, care se revelează treptat cu ajutorul științei.[32] În 1926, într-o scrisoare adresată fizicianului Max Born, Einstein, referindu-se la principiul incertitudinii, scria: „Eu, în orice caz, sunt convins că El nu se joacă cu zarurile.”

„Dacă există ceva religios în mine, aceasta este admirația fără limite față de structura lumii atât cât ne-o poate dezvălui știința.”

Psalmul 93:1 și 96:10 (în creștinismul occidental), precum și Cronici 16:30 includ (în funcție de traducere) un text ce afirmă că „lumea este întărită, și nu se clatină”. În traducerea lui Cornilescu a bibliei catolice, Psalm:104:5 spune „Tu ai așezat pământul pe temeliile lui, și niciodată nu se va clătina”. Mai mult, Eclesiastul 1:5 spune că „Soarele răsare, apune și aleargă spre locul de unde răsare din nou.” etc.[96]

Galileo a apărat heliocentrismul, și a susținut că nu este contrar acestor pasaje din Scriptură. El a adoptat poziția lui Augustin asupra Scripturii: că nu trebuie luat fiecare pasaj literal, mai ales când respectiva scriptură este o carte de poezii și cântece, și nu o carte de instrucțiuni asupra istoriei. Cei ce au scris Scriptura au făcut-o din perspectiva lumii terestre, și din acel punct de vedere Soarele răsare și apune.

Cu pierderea multor dintre susținătorii săi de la Roma din cauza Dialogului despre cele două sisteme principale ale lumii, lui Galileo a fost convocat în fața unui tribunal în 1633, acuzat fiind de erezie. Sentința Inchiziției a constat din trei părți esențiale:

Galileo a fost găsit „vehement suspect de erezie”, și anume de a fi susținut opinia că Soarele stă nemișcat în centrul universului și că Pământul nu se află în centru și se mișcă, și că se poate susține și apăra părerea ca probabilă după ce a fost găsită a fi contrară Sfintei Scripturi. I s-a cerut să „abjure, blesteme și să deteste” aceste opinii.[99]
S-a ordonat încarcerarea sa; sentința a fost ulterior comutată în arest la domiciliu.
Dialogul a fost interzis; și, într-o acțiune neanunțată la proces, publicarea oricărei lucrări a sa a fost interzisă, inclusiv oricare pe care ar mai fi scris-o în viitor.

După o muncă de 40 de ani, a dovedit inconsistența teoriei geocentrice a lui Ptolemeu și astfel a exercitat un puternic impact în mentalitatea Evului Mediu. Astfel, Copernic a demonstrat că Pământul este o planetă ca toate celelalte, dând o lovitură decisivă teoriilor mistice despre existența unei lumi cerești deosebită de lumea pământeană.
Așa cum se temuse Copernic (care a amânat publicarea ideilor lui timp de aproape trei decenii), ipoteza lui sosea într-un moment critic, anume imediat după ruptura produsă în biserica creștină apuseană de Luther. Concurată fiind acum de protestantism, reacția naturală a Bisericii Catolice a fost copierea fundamentalismului adversarului, mișcare cunsocută de istorici sub numele de Contra-Reformă. Liderii Reformei precum Luther sau Calvin au fost primii care l-au acuzat în termeni fără echivoc pe Copernic de erezie, respingând teza heliocentrică pe motiv că aceasta contrazice cosmologia biblică. Biserica Catolică, a cărei practică uzuală fusese până atunci adaptarea pozițiilor ei la noile cunoștințe (integrarea neo-aristotelismului în doctrina oficială a fost un astfel de exemplu), de frică că ar putea pierde adepți, va emula în privința copernicianismului teologia protestantă cu accentul ei pus pe litera Bibliei, și va condamna în 1616 toate scrierile care susțineau heliocentrismul. Koiré[19] consideră că un factor decisiv în schimbarea de atitudine a autorităților catolice l-a avut și realizarea gravelor consecințe de ordin teologic pe care le aducea heliocentrismul copernician, care făcea din Pământ o simplă planetă printre altele, așa cum arătase deja la acel moment criza declanșată de teza universului infinit și ipoteza existenței mai multor lumi (sisteme solare), așa cum speculase turbulentul Giordano Bruno. Pe de altă parte, pentru întreaga ierarhie religioasă (catolică și protestantă) mai importantă și amenințătoare chiar decât ipoteza heliocentrică propusă de Copernic, era pretenția lui și a discipolilor lui de a pune speculația științifică sau filozofică mai presus decât Biblia (și exegeza biblică), așa cum dovedea polonezul prin chiar dedicația către Papă din deschiderea primei ediții. Dacă până nu cu mult timp în urmă teologia mai era încă cunoscută sub numele de "regina științelor" în timp ce știința însăși - "filozofia", cum era ea numită în epocă - era considerată "sluga teologiei" (ancilla theologiae), noile științe precum matematica și astronomia pretindeau acum că dobândeau și vehiculau adevăruri în lumina cărora trebuia citită și înțeleasă (interpretată) chiar și Biblia.[20]

Doctrina sa heliocentrică a fost completată și dezvoltată de Johannes Kepler și apoi de Isaac Newton, care i-a dat forma definitivă și explicația fizică. De asemenea, susținători ai lui Copernic precum Thomas Digges și Giordano Bruno ajung la ideea universului nesfârșit.

Clerul a cerut condamnarea lui Copernic, iar scrierile sale au fost interzise de Biserica Catolică.

Newton a scris numeroase opuscule cu subiecte filozofice și religioase asupra interpretării unor texte din Biblie, sub influența spiritualismului mistic al lui Henry More și a convingerii în infinitatea universului împotriva dualismului cartezian. Lucrările sale The Chronology of Ancient Kingdoms Amended și Observations Upon the Prophecies of Daniel and the Apocalypse of St. John au fost publicate după moartea sa.

Newton a scris mai mult despre religie, alchimie și ocultism decât tot restul scrierilor sale la un loc. John Maynard Keynes, care a cumpărat operele alchimice ale lui Newton, afirma că „Newton n-a fost primul om al epocii rațiunii, ci a fost ultimul dintre magi.”[2]

Newton a fost mult influențat de rosicrucianism. În calitate de creștin avea opinii teologice neortodoxe, fiind adept al profețiilor făcute în baza Bibliei. Astfel Newton a profețit că sfârșitul lumii nu va veni înainte de anul 2060.[3] Teoria acțiunii la distanță era inspirată de ermetism, fiind criticată în epocă drept idee ocultă.

Newton respingea dogma Sfintei Treimi[4][5][6] și considera adorarea lui Isus drept Dumnezeu ca fiind idolatrie, idolatria fiind cel mai grav păcat în optica lui